El 15 de diciembre de 1960, mediante decreto de Rectoría sale publicado lo siguiente:
La Escuela nace en un galerón del edificio Hector A. Migoni donado por el Club Rotario de Ensenada, ubicado junto a la preparatoria Ensenada.
Por necesidades propias de la escuela, ya que la enseñanza de las ciencias marinas se requiere de la investigación, se fundó el Centro de Investigaciones Oceanologicas, que posteriormente se convirtió en Instituto de Investigaciones Oceanológicas.
El Biólogo Pedro Mercado Sánchez fue el primer profesor de tiempo completo, y fue el primer director de la ESCM. La primer generación inició clases el 2 de septiembre de 1961, y estaba conformada por un grupo de 5 alumnos.
La Escuela nace en un galerón del edificio Hector A. Migoni donado por el Club Rotario de Ensenada, ubicado junto a la preparatoria Ensenada.Por necesidades propias de la escuela, ya que la enseñanza de las ciencias marinas se requiere de la investigación, se fundó el Centro de Investigaciones Oceanologicas, que posteriormente se convirtió en Instituto de Investigaciones Oceanológicas.
El Biólogo Pedro Mercado Sánchez fue el primer profesor de tiempo completo, y fue el primer director de la ESCM.
En 1962, el Presidente de la República Lic. Adolfo López Mateos visita la facultad.
Al inicio, el apoyo de la Institución de Oceanografía Scripps de la Jolla California, fue fundamental para el crecimiento académico de la escuela.
El 30 de enero de 1971, se nombra como director al Oceanólogo Carlos De Alba Perez, siendo el primer director oceanologo de la ESCM.
Fue en agosto de 1985 en que se inicia el posgrado en la ESCM con el programa de maestría en Oceanografía Biológica. En enero de 1987, se inicia el Programa de Especialidad en Administración de Recursos Marinos.
El 27 de noviembre de 1987, con la aprobación del Consejo Universitario, la ESCM cambia su nombre a Facultad de Ciencias Marinas, siendo la primera facultad en la UABC. La Facultad de Ciencias Marinas, en colaboración con el IIO, acepta llevar a cabo el primer doctorado en la Universidad, durante el periodo rectoral del Lic. Alfredo Felix Buenrostro Ceballos.
En 1990 se crean, en colaboración con el Instituto de Investigaciones Oceanológicas (IIO) de la UABC, los programas de Maestría y Doctorado en Ciencias en Oceanografía Costera (que sustituyen a la Maestría en Oceanografía Biológica). Continuando con la diversificación de la oferta educativa, en 2006 se crea la Especialidad en Gestión Ambiental (que sustituye a la Especialidad en Administración de Recursos Marinos) en colaboración con la Facultad de Ciencias (FC) y el IIO, y ese mismo año se crea el programa de Maestría y Doctorado en Ciencias en Ecología Molecular y Biotecnología, en colaboración con el IIO. Finalmente, en 2007 se inician los programas de Licenciatura en Ciencias Ambientales y de Biotecnología en Acuacultura.
La carrera de Oceanología fue acreditada por la Asociación Nacional de Profesionales el Mar, A.C. (ANPROMAR) en 2003, y re-acreditada por el mismo organismo externo en 2008 y 2013. Por su parte, las licenciaturas en Biotecnología en Acuacultura y en Ciencias Ambientales fueron acreditadas en 2012 por ANPROMAR y por Comité de Acreditación y Certificación de la Licenciatura en Biología, A.C. (CACEB), respectivamente. De los posgrados, la Especialidad en Gestión Ambiental, la Maestría y Doctorado en Ciencias en Oceanografía Costera, y la Maestría en Ciencias en Ecología Molecular y Biotecnología se encuentran en el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC) de CONACyT.
Dr. Santos Silva Cota, fundador.
A continuación se presenta el listado de los directores de la FCM y sus períodos de gestión:
| NOMBRE | PERIODO |
|---|---|
| BIOL. PEDRO MERCADO SANCHEZ | 15-12-1960 / 14-05-1966 |
| ING. GABRIEL FERRER DEL VILLAR | 15-05-1966 / 30-06-1968 |
| DR. NICOLAS GRIJALVA ORTIZ | 30-06-1968 / 30 -01-1971 |
| M.C. CARLOS R. DE ALBA PÉREZ | 1-02-1971 / 30-08-1973 |
| DR. SAUL ÁLVAREZ BORREGO | 1-11-1973 / 29-05-1975 |
| OC. FRANCISCO AGUILAR RUIZ | 30-05-1975 / 1-08-1979 |
| M.C. ROMÁN LIZARRAGA ARCINIEGA | 2-08-1979 / 1-09-1980 |
| DR. MIGUEL ÁNGEL HUERTA DIAZ | 2-09-1980 / 1-03-1981 |
| M.C. RENÉ DE LA PAZ VELA | 2-03-1981 / 16-06-1982 |
| M.C. GUADALUPE GARCIA Y LEPE | 17-06-1982 / 19-02-1992 |
| DR. JORGE DE LA ROSA VELEZ | 20-02-1992 / 26-03-1996 |
| M.C. GUILLERMO TORRES MOYE | 27-03-1996 / 7-12-1998 |
| M.C. ELISEO ALMANZA HEREDIA | 8-12-1998 / 22-04-1999 |
| DR. ROBERTO MILLÁN NUÑEZ | 23-04-1999 / 8-05-2008 |
| DR. JOSÉ LUIS FERMÁN ALMADA | 9-05-2008 / 8-05-2012 |
| DR. JUAN GUILLERMO VACA RODRÍGUEZ | 9-05-2012 / ... |
| DRA. LUS MERCEDES LÓPEZ ACUÑA | ... / a la fecha |
Formar profesionistas de excelencia en el área de ciencias del mar y medio ambiente, capaces de promover, generar, aplicar, difundir y transferir de manera interdisciplinaria, el conocimiento de los fenómenos y procesos naturales, mediante el uso de la ciencia, la tecnología y la innovación, para plantear soluciones y medidas preventivas a los problemas o impactos que estos generan, ofreciendo alternativas para la explotación racional de los recursos naturales, dentro de un marco de sustentabilidad global, capaces de transformar su entorno con responsabilidad socioambiental y compromiso ético; así como, mantener una alta colaboración en los ámbitos local, nacional, transfronterizo e internacional, para difundir de manera libre, crítica, creativa, solidaria, con una visión global los resultados de las diferentes actividades docentes y de investigación para el desarrollo humano de la sociedad bajacaliforniana y del país.
En 2025 la Facultad de Ciencias Marinas de la UABC es reconocida por organismos acreditadores y sus pares académicos nacionales e internacionales a través de la formación de profesionistas comprometidos de alto nivel con la capacidad de generar, aplicar, innovar, transferir y divulgar el conocimiento, así como por la vinculación con los sectores social, gubernamental y privado, con alta responsabilidad socioambiental que contribuye con oportunidad, pertinencia y los mejores estándares de calidad, a incrementar el nivel de desarrollo de la sociedad bajacaliforniana y del país.
